Eskişehirspor kulübü teknik direktörü Ertuğrul Sağlam'ın istifasından sonra teknik direktör arayışı içine giren Eskişehirspor yeni çalıştırıcısını İsviçre'de buldu. Her konuda anlaşan taraflar, Skibbe'nin derhal işe başlaması içinde anlaştılar.
Skibbe, 18 Temmuz 2011 yılında da Eskişehir'in başına geçmiş ancak alınan başarısız sonuçlar nedeniyle 4 ay sonra takımdan gönderilmişti.