Kütüphane memuru S.Ç’nin emekli olmayı istediği için yapılan çağ teslim işlemlerinde 103 el yazması ve 7 Arap harfli ender basma eserin kaybolduğu, 62 el yazması kitabın kapağının sökülüp götürüldüğü ortaya çıktı. Konya 1. Ağır Ceza Ceza Mahkemesinde açılan halk davasında, S.Ç. hakkında zimmet suçundan “5 sene süre ile memuriyetten yasaklanma” ve “5 sene hapis” cezası verildi. Ayrıca Kültür ve Turizm Bakanlığı tarafından, eserlerin davalıdan tazmini için Konya 3. Asliye Hukuk Mahkemesine alacak davası açıldı.
Konya Kütüphanesinde Skandal hakkında hazırlanan raporda, kaybolan veya çalınan kitaplar ile ten kapaklarının bin yıllık geçmişe sahip olduğu, bilimsel ve sanatsal değerlerinin ötesinde antik değere sahip olduğu belirtildi. Raporda, “Eserlere paha biçilemeyeceği” için sembolik olarak 20 milyon dolar değer biçildi. Mahkeme, sanık S.Ç.’den 20 milyon doların 24 Nisan 2000 tarihinden itibaren işleyecek yasal faiziyle alınmasına hükmetti. S.Ç.’nin temyiz yoluna başvurması üzerine Yargıtay 4. Dairesi, mahkemenin verdiği kararı 5 Mart’ta onadı.
Bilirkişi heyetinde vazife alan Necmettin Erbakan Üniversitesi Öğretim Üyesi Yrd. Doç. Dr. Ali Fuat Baysal, kaybolan eserlerin Sadreddin Konevi’nin 1275 yılında Konya’da kurduğu kütüphaneden günümüze kadar gelen kitaplar olduğunu söyledi. Dijital ve resim verileri olmadığı için kitapların varlığı iddia edemiyoruz. Kitapların hangilerinin bize ait olduğunu ve hangi kitapların gittiğini mikrofilmlerle ancak ispat edebiliyoruz” dedi. Baysal, eserlerin yerinde olmadığının anlaşılmaması için diğer kitaplarla kamufle yapıldığını belirtti ve şunları söyledi: “Bilgi, içerik olarak değerli olanların dahil kısımları, sahifeleri götürülmüş ve içine alakasız, diğer kitapların içi konulmuş. Selçuklu cildine ait çok eski, ender bulunan ciltler vardı, bu ciltlerin de kapakları sökülmüş. Cilt kapakları götürüldüyse, kitabın hariç kapağına ten kapağı ek edilmiş. Böyle bir uygulamayla kitaplar kütüphaneden dışarıya taşınmış.
Gidenin geri gelmesi güç. Bu eserlerin birçoğu muhtemelen vatan dışına kaçırıldı. Bu eserler arasındaki ‘Tavzihul Havi’, Kutbeddin eş-Şahi’ye aittir ve Konya’da istinsah edilmiştir. ‘Kitabül Efsar’ isimli yapıt İbni Arabi’nin kendi el yazısıyla yazdığı bir eserdir. ‘Miftahu-l Gaybil-Cem’ isimli yapıt, Sadreddin Konevi’nin bizzat karşılıklı müzakere ve mukabele ettiği, ‘El Ahkamü’l-Kübra’ ise Konevi’nin kendi el yazsıyla yazdığı ve temellük (kime ait olduğu) kaydının bulunduğu bir eserdir. ‘Kitabü’l-Ma’arif’ de nüsha itibariyle en eski ve ender eserlerimiz arasındadır. Bu kitapların Selçuklu sultanlarının hocası olan Mecdüddin İshak’ın diplomat olarak gittiği beldelerden edinerek Anadolu’ya getirdiği değerli kitaplar olduğu tespit edildi.”